اکتینوباکتری های دریایی اقتصادی ترین و از لحاظ بیوتکنولوژی با ارزش ترین گروه از پروکاریوت ها هستند که متابولیت های ثانویه، خصوصاً آنتی بیوتیک ها را تولید می کنند. این باکتری ها به دلیل شرایط زندگی افراطی محیط های دریایی می توانند از لحاظ ساختاری، متابولیت های منحصربه فردی که در نوع خاک زی آن ها یافت نشده، تولید کنند. بنابراین آن ها به عنوان منبعی از داروهای جدید شناسایی شده اند. با توجه به افزایش مقاومت میکروارگانیسم ها به آنتی بیوتیک های موجود در بازار، کشف داروهای جدید ضروری است. افزایش در رشد اکتینوباکترها از طریق دستکاری پارامترهای تغذیه ای، شیمیایی و فیزیکی شرایط کشت امکان‌پذیر است. بهینه سازی ترکیب محیط کشت تاثیر قابل توجهی در افزایش تولید و کاهش هزینه ها خواهد داشت. هدف از مطالعه حاضر، شناسایی مولکولی و بهینه سازی شرایط تولید ماده ضدباکتری توسط جدایه هایی ازاکتینوباکترها که ازنظر میزان تولید، قدرت و یا هردو نسبت به بقیه جدایه‌ها برتری داشتند، بود. در این مطالعه از سواحل انرژی اتمی و اسکله جلالیه استان بوشهر نمونه برداری شد. از محیط-هایSCB، ISP2، ISP3، ISP4، ISP5، ISP6 وISP7 برای جداسازی اکتینوباکترها استفاده شد. ویژگی های مورفولوژی، تست های بیوشیمیایی، فعالیت ضدمیکروبی و مطالعات مولکولی برای شناسایی جدایه های مولد آنتی بیوتیک مورد استفاده قرار گرفت. از بین جدایه های مولد آنتی بیوتیک، جدایه های تولیدکننده ای که ازنظر میزان تولید، قدرت و یا هردو نسبت به بقیه جدایه‌ها برتری داشتند به منظور انجام مطالعات بهینه سازی با استفاده از روش تغییر یک فاکتور در واحد زمان انتخاب شدند. فاکتورهای انتخاب نوع محیط تلقیح و تولید مناسب، pH، دمای گرماگذاری، منبع کربن، نیتروژن و زمان گرماگذاری مورد بررسی قرار گرفتند. به طورکلی 40 جدایه اکتینوباکتر از نمونه های آب و رسوب و اسفنج جداسازی شدند، که 75 درصد آن ها مولد آنتی بیوتیک بودند. در بین این جدایه ها تمامی جدایه های تولید کننده آنتی بیوتیک دارای اثر ضد باکتریایی برضد باکتری های گرم مثبت، 50 درصد برضد باکتری های گرم منفی و 50 درصد برضد هر دو گروه باکتری های گرم مثبت و گرم منفی بودند. همچنین 17 درصد آن ها فعالیت ضدقارچی نشان دادند. بیشترین (بهینه) فعالیت ضدباکتریایی برای دو سویه برترMicrobacterium و Streptomyces به ترتیب در ISP5 (نوع محیط)، 7 =pH در دمای 27 درجه سانتی گراد و مانیتول (منبع کربن) و پتاسیم نیترات (منبع نیتروژن) در روز هفتم از گرماگذاری و ISP5 (نوع محیط)، 7 = pH در دمای 27 درجه سانتی گراد و گلیسرول (منبع کربن) و پتاسیم نیترات (منبع نیتروژن) در روز ششم از گرماگذاری تعیین شد. با وجود در دسترس بودن محصولات ضد میکروبی متعدد، گسترش انتشار بیماری های همه گیر، ظهور پیوسته پاتوژن های مقاوم به دارو و گسترش انتقال این پاتوژن ها در میان مردم، پژوهش های پیوسته برای دست یابی به آنتی بیوتیک های جدید و موثر ضروری است. همچنین پیشنهاد می شود مطالعات بیشتری در زمینه یافتن روشی که توسط آن میزان تولید توسط این جدایه ها به بالاترین مقدار و کمترین هزینه برسد، صورت گیرد.

کلبسیلا پنومونیه عامل ایجاد پنومونی، عفونت های مجاری ادراری و خون در انسان است. مقاومت در سویه های کلبسیلا در اثر جهش در ژن های کروموزومی، پلاسمیدی و ترانس پوزون ها رخ می دهد. پیدایش سوش های مقاوم که اغلب دارای آنزیم ESBL بوده باعث مقاومت به اکثر آنتی بیوتیک های موجود به ویژه داروهای بتالاکتام شده است.گسترش آنتی بیوتیک های خانواده بتالاکتام و ایجاد انواع جدید با طیف گسترده منجر به تولید بتالاکتامازهای طیف گسترده یا ESBL شده است که باکتری را قادر می سازد تا در برابر طیف گستردهای از آنتی بیوتیک های خانواده بتالاکتام ایجاد مقاومت کند. هدف از این مطالعه بررسی فراوانی ژن های ، blaTEM-1 و blaSHV-1 در سویه های کلبسیلا پنومونیه مولد ESBL جدا شده از نمونه های ادراری، زخم و ترشحات و خون در شهر اهواز بود. جدایه های کلبسیلا پنومونیه جدا شده از نمونه های ادراری، زخم و ترشحات و خون، پس از انجام آنتی بیوگرام، به روش دیسک دیفیوژن و تست هم افزایی دو دیسک مورد بررسی قرار گرفته و باکتری های مولد ESBL شناسایی شدند و پس از استخراج DNA با استفاده از پرایمرهای اختصاصی برای ژن های blaTEM-1 و blaSHV-1 مورد بررسی قرار گرفتند.
در مجموع از تعداد 99 جدایه کلبسیلا پنومونیه دارای مقاومت آنتی بیوتیکی تشخیص داده شده، 54 جدایه مولد ESBL بودند. پس از انجام PCR فراوانی ژن های blaTEM-1 و blaSHV-1 به ترتیب 1/35% و 8/51% بدست آمد. بالاترین میزان مقاومت آنتی بیوتیکی در نمونه های بالینی مربوط به آنتی بیوتیک نالیدیکسیک اسید می باشد . و نیز پایین ترین میزان مقاومت آنتی بیوتیکی مربوط به آنتی بیوتیک های ایمی پنم، سفتریاکسون و سفپیم بود. این مطالعه نشان داد که با توجه به شیوع ژن های blaTEM-1 و blaSHV-1 در سویه های کلبسیلا پنومونیه دارای مقاومت آنتی بیوتیکی به سفالوسپورین های نسل سوم، در درمان عفونت های ناشی از این پاتوژن ها باید به الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی توجه گردد.
 

 در میان پاتوژن های میکروبی به دنبال مصرف بی رویه آنتی بیوتیک ها مقاومت در برابر آنتی بیوتیک ها ایجاد می شود که این باعث ضرورت کشف ترکیبات درمانی جدید شده است. با توجه به این مسئله که تقریبا نیمی از تنوع  زیستی کره زمین مربوط به موجودات دریایی می باشد، می توان گفت که دریا منبع غنی برای ترکیبات جدید می باشد. بنابراین به منظور پیشرفت در زمینه فعالیت های داروسازی، دریا مخزنی از مولکول های طبیعی با ارزش به شمار می آید. در میان میکروارگانیسم های دریایی، اکتینوباکتری ها از اهمیت ویژه ای برخوردار هستند، زیرا آنها تولید کننده ترکیبات شیمیایی متنوعی با طیف وسیعی از فعالیت های بیولوژیکی هستند. لذا تلاش و جستجو برای کشف سویه های میکروبی ناشناخته از این مخزن نسبتا بکر یک روش موثر برای بدست آوردن ترکیبات فعال زیستی جدید می باشد. در همین راستا این تحقیق به جداسازی اکتینوباکتری ها از سواحل بوشهر پرداخته است که هنوز محیط بکری برای تحقیقات میکروبیولوژی محسوب می شود. در این پروژه از 7 نوع محیط برای جداسازی اکتینوباکتری ها از دو ایستگاه انرژی اتمی و اسکله جلالیه، بندر بوشهر استفاده شد. از ویژگی های مورفولوژی، تست های بیوشیمیایی و مطالعات مولکولی برای شناسایی جدایه های مولد آنتی بیوتیک مورد استفاده قرار گرفت. 40 جدایه اکتینوباکتری ها از نمونه های آب، رسوب و اسفنج جدا گردید، 30 جدایه دارایی فعالیت ضد باکتریایی بودند، به عبارت دیگر 75 درصد جدایه¬ها مولد آنتی¬بیویک بودند که این سویه ها 100 درصد دارای اثر ضد باکتریایی علیه باکتری های گرم مثبت، 50 درصد علیه باکتری های گرم منفی و 50 درصد علیه هر دو گروه باکتری های گرم مثبت و گرم منفی بودند. همچنین حدود 17 درصد فعالیت ضد قارچی نشان دادند. از بین سویه های مولد آنتی بیوتیک شماره 26، 30 ،32 ، 38، 39 دارای فعالیت ضد باکتریایی و ضد قارچی بودند. یافته های این تحقیق نشان داد اکتینوباکتری های دریایی مفید و متنوعی برای تولید ترکیبات آنتی بیوتیکی به راحتی از آب های خلیج فارس قابلیت جداسازی دارند با توجه به گستردگی سواحل خلیج فارس در جنوب ایران ، این منبع می تواند جایگاه مهم و جدیدی برای جداسازی اکتینوباکترها باشد.

 مایکوتوکسین¬ها محصولات طبیعی با وزن مولکولی پایین هستند که بوسیله‌ی قارچ¬های رشته¬ای به عنوان متابولیت ثانویه تولید می‌شوند. مهمترین مایکوتوکسین¬ها از نظر اقتصادی-کشاورزی و سلامت عمومی FUM، AFT، OTA، ZEA و تریکوتسن¬ها هستند. حضور این مایکوتوکسین¬ها در مواد غذایی بسیار مهم است و در بیش از 100 نوع محصول کشاورزی از جمله ذرت، سویا، گندم، برنج، آجیل و ... یافت می¬شوند.
باتوجه به فراوانی مایکوتوکسین¬ها و تمرکز بر سمیت و سرطان¬زایی آنها در مجامع علمی، در این مطالعه به بررسی میزان و نوع مایکوتوکسین¬ها در غلات وارداتی، میزان آفلاتوکسین و جداسازی آسپرژیلوس¬ها از برنج تولیدی خوزستان پرداخته شد. به این منظور وجود مایکوتوکسین¬هایی چون AF، OTA، ZEN و DON در2750 نمونه غلات ارجاع شده به آزمایشگاه¬های سطح شهر اهواز مورد بررسی قرار گرفت، که از روش HPLC جهت تشخیص و تعیین مقدارآنها استفاده گردید. همچنین 50 نمونه برنج از کشاورزان جمع¬آوری و علاوه¬بر بررسی آفلاتوکسین¬ها ، جدایه¬های آسپرژیلوس با کشت دانه¬های برنج بر روی محیط SDA و بررسی خصوصیات ماکروسکوپی، میکروسکوپی و مولکولی، جداسازی و توالی¬یابی شد.
طبق نتایج حاصل از HPLC و با توجه به استاندارد 5925 در ایران، میزان مایکوتوکسین¬های OTA، DON و ZEN درهر سه دانه(جو،ذرت،گندم)، درحد استاندارد اما آفلاتوکسین B2 و G2 به ترتیب در 4/0% و 1/0% نمونه¬های ذرت بالاتر از سطح مجاز(ppb5) بود. به جزآفلاتوکسینB1 که در 2% نمونه¬های برنج بیش از حد مجاز بود سایر آفلاتوکسین¬ها یا مشاهده نشدند یا در حد استاندارد بودند. جدایه¬های آسپرژیلوس جدا شده از این مطالعه شامل 1/42 % Aspergillus flavus، 05/21 % Aspergillus niger ، 7/15 % Aspergillus tuningensis، 52/10 % Aspergillus terreus، 26/5 % ASpergillus nidulansو 26/5 % Aspergillus sp بودند.

 اسهال عفونی همچنان یکی از علل اصلی مرگ ومیر کودکان کمتر از 5 سال در کشورهای در حال توسعه است. اشرشیاکلی مولد اسهال (DEC) یک عامل اتیولوژیک مهم در میان عوامل بیماری زای ایجاد کننده اسهال در کودکان است.به منظور بررسی شیوع پاتوتایپ های اشرشیاکلی ایجاد کننده اسهال (DEC) در میان کودکان کمتر از 5 سال ساکن در استان خوزستان ایران 208 نمونه اسهال به وسیله واکنش زنجیره ای پلیمراز (Multiplex PCR) مورد بررسی قرار گرفتند. جدایه های DEC به منظور مقاومت به آنتی بیوتیک های مختلف و تولید بتالاکتاماز وسیع الطیف (ESBLs) مورد بررسی قرار گرفتند. علاوه براین گروه های فیلوژنتیکی جدایه های DEC به روش مولتی پلکس PCR تعیین شد.
در مجموع از 208 نمونه اسهال، 58 جدایه (9/27 درصد) DEC شناخته شد که شامل 35 جدایه (8/16درصد) EAEC، 10 جدایه (8/4درصد) EPEC، 6 جدایه (9/2درصد)EIEC، 6 جدایه (9/2 درصد) ETEC بود و 1 جدایه (48/0 درصد) EAEC و EPEC را باهم داشتند ولی در هیچکدام از نمونه ها EHEC شناسایی نشد.
در بین جدایه ها بیشترین مقاومت در برابر آنتی بیوتیک سفتازیدیم و پس از آن در آنتی بیوتیک های سفتیزوکسیم، سفتریاکسون، سفوتاکسیم، سفوکسیتین، جنتامایسین، آمیکاسین، سیپروفلوکسازین و ایمیپنم مشاهده شد. بیش از 65 درصد از جدایه های بیماری زا مقاومت چندگانه به دارو (MDR) را نشان دادند. به طور کلی شیوع سویه های مولد ESBLs در جدایه های DEC، 79 درصد بود. گروه فیلوژنتیکی B2 غالب ترین گروه فیلوژنتیکی شناخته شده با فرکانس 8/44 درصد در میان جدایه های DEC بود همچنین ارتباط معنی داری بین گروه فیلوژنتیکی B2 و جدایه های DEC (05/0P<) مشاهده شد.
به طور کلی یافته های ما اهمیت نقش جدایه های DEC را در اتیولوژی اسهال کودکان تقویت می کند. از نمونه های اسهال میزان بالایی از پاتوتایپ EAEC بدست آمد که شیوع گسترده از این پاتوتایپ را در جمعیت مورد مطالعه نشان می دهد.برای جلوگیری از شیوع بیماری و کاهش موارد پراکنده اسهال باید عوامل ایجاد کننده بیماری تعیین شود. افزایش تدریجی مقاومت به آنتی بیوتیک ها در بین نمونه های DEC باعث می شود که اجرای روش هایی برای کنترل گسترش باکتری های مقاوم ضروری شود.

امروزه عفونت های باکتریایی به ویژه آن هایی که ناشی از باکتری های مقاوم به چند دارو هستند به یکی از چالشهای بزرگ برای بهداشت و درمان مدرن تبدیل شده اند. استافیلوکوکوس اورئوس از مهم ترین عوامل عفونت های بیمارستانی و اکتسابی از جامعه می باشد و به دلیل قدرت بیماری زایی بالقوه و مقاومت روز افزون در برابر داروهای ضد میکروبی به یکی از مهم ترین مشکلات بهداشتی در جهان تبدیل شده است. درک اپیدمیولوژی و توزیع این باکتری در جامعه و همچنین بیمارستان به منظور تعیین منبع و محدود کردن گسترش آن ضروری است. پیدا کردن یک نشانگر مناسب برای این منظور در سال های اخیر در نظر قرار گرفته است. بنابراین با توجه به شیوع عفونت های ناشی از سویه های استافیلوکوکوس اورئوس مقاوم به متی سیلین (MRSA) و اهمیت بررسی ویژگی های ژنوتیپی سویه های مقاوم به آنتی بیوتیک در ردیابی منشا عفونت و کنترل آلودگی ناشی از آن، هدف از مطالعه ی حاضر، بررسی تنوع مولکولی جدایه¬های استافیلوکوکوس ¬اورئوس مقاوم به متی¬سیلین جدا شده از بیماران بستری در بیمارستان می باشد. در این بررسی، از 100 جدایه ی استافیلوکوکوس اورئوس، که طی مدت 6 ماه (اردیبهشت الی مهر 1394) از بیمارستان های رازی و بیمارستان گلستان جمع آوری شده بودند استفاده شد. با انجام تست¬های فنوتیپی و ژنوتیپی، 50 سویهی مقاوم به متی¬سیلین مشخص گردید. به منظور تعیین تیپ مولکولی جدایه های MRSA، از تکنیک مولکولی PCR-RFLP استفاده شد. در این مطالعه از چهار ژن مختلف شامل: coa, spa, aroAو gap به منظور ارزیابی استفاده شد. تکثیر ژن coa، 8 تیپ و ژن spa، 5 تیپ اصلی و 11 تحت تیپ را براساس الگوهای باندی نشان داد. هضم محصولات ژن coa وgap با استفاده از آنزیم AluI، به ترتیب 13 و 3 تیپ، هضم محصولات ژن spa با استفاده از آنزیم HindIII، 13 تیپ و هضم محصولات حاصل از تکثیر ژن aroA با استفاده از دو آنزیم TaqI و RsaI به ترتیب 4 و 6 تیپ را بر اساس الگوهای باندی نشان داد. این مطالعه نشان داد که آنالیز PCR-RFLP دارای قدرت تمایز، تکرار پذیری و تفسیر آسان می¬باشد و می¬تواند به¬عنوان یک جایگزین نوید بخش برای تعیین تیپ اپیدمیولوژیک جدایه¬های استافیلوکوکوس اورئوس در نظر گرفته شود.

کلستریدیوم دیفیسیل یک باسیل گرم مثبت ، بی هوازی اجباری و تشکیل دهنده اسپور است که از محیط یا از مدفوع قابل انتقال است. در انسان ها کلستریدیوم دیفیسیل معمولاً عامل اسهال ناشی از مصرف آنتی بیوتیک و کولیت غشای کاذب است. هنگامی که میکروفلور طبیعی روده، توسط فاکتورهای خطر، مانند درمان با آنتی-بیوتیک ها، شیمی درمانی و ... تغییر می کند، کلستریدیوم دیفیسیل فرصت تکثیر بیش از حد یافته و باعث بیماری می شود. عوامل اصلی بیماری زایی این باکتری، دو توکسین A و B هستند که توسط ژن های tcdA و tcdB کد می شوند. اسهال یکی از شایع ترین بیماری های عفونی است و یکی از معضلات بهداشتی اکثر جوامع به خصوص کشورهای جهان سوم را تشکیل داده است که در این میان اسهال وابسته به کلستریدیوم دیفیسیل، علت شایع اسهال بیمارستانی است. جهت بررسی میزان شیوع کلستریدیوم دیفیسیل در شیرخواران شهر اهواز، 125 نمونه مدفوع از بیماران دارای اسهال وابسته به آنتی بیوتیک و فاقد اسهال از بیمارستان ابوذر اهواز جمع آوری گردید. نمونه های مدفوع در ابتدا در محیط مایع گوشت پخته غنی سازی شدند. سپس بر روی هر نمونه به صورت جداگانه تیمار الکلی و حرارتی انجام شد. نهایتاً به محیط CCFA انتقال داده شدند و در شرایط بی هوازی در 37 درجه برای 7-5 روز انکوبه شدند. بعد از شناسایی جدایه ها براساس آزمون های بیوشیمیایی، برای بررسی حضور توکسین ها و تایید جدایه ها، PCR بر اساس 3 ژن tpi، tcdA و tcdB انجام گردید. برای بررسی تولید توکسین، عصاره فیلتر شده باکتری ها با کشت سلول هلا مجاور شد. همچنین وجود ایزوله ها براساس حساسیت آنتی بیوتیکی نیز مورد بررسی قرار گرفت. در مجموع 21 نمونه از نظر وجود کلستریدیوم دیفیسیل مثبت بودند. در میان 21 جدایه 15 جدایه واجد ژن های تولید کننده توکسین بودند که 13 جدایه از آن ها، قادرند بر روی سول های هلا اثرات سایتوپاتیک داشتند.

آنفلوانزای نوع A یک بیماری ویروسی مهم و با اهمیت جهانی است که باعث خسارات اقتصادی در صنعت طیور می شود. علاوه بر آن به عنوان یکی از عوامل اصلی واگیری و مرگ و میر در سراسر جهان است که بخش اعظمی از جمعیت انسانی همه ساله تحت تاثیر آن قرار می گیرند، بنابراین تشخیص سریع این بیماری اهمیت بسیار زیادی دارد. هدف از مطالعه ی حاضر طراحی یک آزمایش الایزای تسخیر آنتی ژن (AC-ELISA) به منظور ردیابی ویروس آنفلوانزی طیور است. طراحی این آزمایش بر اساس تسخیر آنتی ژن NP ویروس آنفلوانزا توسط یک آنتی بادی مونوکلونال (D'C4) و سپس شناسایی آن بوسیله آنتی بادی پلی کلونال ضد این پروتئین تهیه شده در خرگوش انجام گرفت و حساسیت و ویژگی این روش نیز تعیین گردید. AC-ELISA طراحی شده با هیچ یک از سایر عوامل ویروسی و باکتریایی طیور که در دسترس بودند واکنش نشان نداد اما در مقابل، قادر به شناسایی سروتیپ H9 ویروس آنفلوآنزای طیور و نیز سروتیپ های H1 و H3 ویروس آنفلوآنزای انسانی بود. حساسیت آزمایش طراحی شده برای شناسایی سروتیپH9، 10 برابر بیشتر از روش هماگلوتیناسیون و قابل مقایسه با روش RT-PCR بود. همچنین آزمایش AC-ELISA طراحی شده قادر به تشخیص حضور ویروس آنفلوآنزا در سوآب نای مرغ های آلوده شده به صورت تجربی از روز 3 تا 5 بعد از آلودگی بود. بر اساس نتایج به دست آمده به نظر می رسد که آزمایش AC-ELISA طراحی شده، آزمایشی با حساسیت و ویژگی مناسب برای تشخیص عفونت های ناشی از سروتیپ H9 ویروس آنفلوآنزای طیور و احتمالا سایر سروتیپ های آن باشد.

باکتری¬های خانواده لژیونلاسه به ویژه گونه پنوموفیلا از باکتری¬های بیماریزای مهم بوده که سیستم تنفسی تحتانی را درگیر می¬کنند. این باکتری آبزی است و تاکنون عامل ایجاد چند پنومونی بوده است. لژیونلا دارای 51 گونه بوده که 23 گونه از آن¬ها برای انسان بیماری¬زا می¬باشند. تا به امروز روش¬های تشخیصی متنوعی برای شناسایی و جداسازی این باکتری معرفی شده است. مهم¬ترین و پر¬کاربرد¬ترین این روش¬ها، روش کشت بر روی محیط¬های انتخابی و غیر انتخابی و همچنین روش PCR می¬باشد. لژیونلا یک باکتری گرما دوست است بنابراین شناسایی منابع و مخازن اصلی این باکتری به ویژه در مناطق گرمسیر و به کار بستن اقدامات پیشگیرانه در درجه اول و اقدامات درمانی در مرحله بعدی می¬تواند درجلوگیری از شیوع و گسترش این باکتری موثر باشد. هدف این تحقیق بررسی شیوع باکتری لژیونلا در منابع آبی مختلف شهر اهواز و مقایسه میزان شیوع این باکتری بین منابع آبی مختلف به منظور شناسایی مخازن اصلی این باکتری می¬باشد. برای این منظور نمونه¬های آبی از نقاط مختلف اعم از بیمارستان¬ها، میادین سطح شهر، اماکن تفریحی، اماکن مسکونی، رودخانه¬ها و ... جمع آوری شد. این نمونه¬ها ابتدا به روش کشت مورد بررسی قرار گرفتند به این صورت که نمونه¬ها بعد از سانتریفیوژ، بر روی محیط¬های کشت غیر انتخابی BCYE و انتخابی MWY کشت داده شدند. سپس برای تایید، نمونه¬های مشکوک بر روی محیط¬های معمولی بلاد آگار و مک کانکی کشت داده شدند که عدم رشد بر روی این محیط¬ها تاییدی بر مثبت بودن نمونه آبی می¬باشد. در بخش بعدی مطالعه به منظور تایید نهایی، نمونه¬های مثبت PCR شدند. برای انجام عمل PCR از پرایمر¬های rRNA 16S اختصاصی گونه لژیونلا استفاده شد که یک توالیbp 650 را تکثیر می¬کند. در نتیجه این تحقیق 13 نمونه (6/18%) از کل نمونه¬های آبی بررسی شده مثبت شدند و همچنین همه این 13 نمونه (100%) با روش PCR نیز تایید شدند. بیشتر نمونه¬هایی که آلوده تشخیص داده شدند دارای درجه حرارت نسبتا بالایی بوده و در فصول گرم سال نمونه برداری شده بودند.

 اسهال به عنوان یک اختلال گوارشی و از عوامل رایج در مرگ و میر کودکان کشورهای در حال توسعه می¬باشد. در میان پاتوژن¬های باکتریایی اشرشیا¬ کلی مولد اسهال (DEC) یکی از مهم¬ترین عوامل اسهال اندمیک و اپیدمیک در سطح جهان است. هدف از تحقیق حاضر، تشخیص مولکولی گروه¬های اشرشیا کلی مولد اسهال در کودکان به روش Multiplex PCR و ارزیابی حضور اشرشیا کلی O157:H7 در نمونه¬ها است. روش کار: در سال 1393 (اردیبهشت تا آذر)، برای مطالعه مقطعی به منظور جداسازی اشرشیا کلی-های مولد اسهال، نتایج کشت مدفوع 578 کودک زیر 10 سال مراجعه کننده (311 پسر، 267 دختر) به بیمارستان شهید مدنی خرم آباد، بررسی شد. ابتدا نمونه¬ها در محیط کشت مک¬کانکی آگار کشت داده شدند و سپس کلنی¬های صورتی رنگ (لاکتوز مثبت) در محیط کشت EMB آگار کشت داده شدند، به منظور ارزیابی حضور اشرشیا کلی O157:H7 ، نمونه¬ها در محیط سوربیتول مک-کانکی حاوی سفکسیم و تلوریت پتاسیم نیز کشت داده شدند. تایید هویت جدایه¬های اشرشیا کلی با انجام تست¬های بیوشیمیایی افتراقی انجام گردید. نتایج: از 578 نمونه مدفوع جدا شده از کودکان مبتلا به اسهال، 186 جدایه اشرشیا کلی مولد اسهال تشخیص داده شد، سپس سروگروه اشرشیا کلی¬های انتروپاتوژن بررسی شد که در 23 نمونه EPEC جدا شد و بیشترین سروگروه مربوط به سروگروه IV بود. در نهایت 186 جدایه توسط روش Multiplex PCR جهت تعیین گروه جدایه¬های اشرشیا کلی¬های مولد اسهال ( 4 پاتوتایپ ETEC ( Enterotoxigenic Escherichia coli)، EPEC ( Enteropathogenic Escherichia coli)، EIEC( Enteroinvasive Escherichia coli) و STEC( Shiga toxin-producing Escherichia coli) ) برای تشخیص ژن¬های lt ، st ، bfpA ، eaeA، stx1، stx2 و ial مورد بررسی قرار گرفتند. بیشترین گروه جدا شده در بین 4 پاتوتایپ ETEC، EPEC ، EIEC و STEC مورد بررسی به ترتیب، ETEC با 15درصد، EPECبا 14 درصد، STEC با 7/9 درصد و EIECبا 83/4 درصد بودند. در هیچکدام از جدایه¬ها سروتیپ اشرشیا کلی O157:H7یافت نشد. بر اساس نتایج بدست آمده می-توان بیان کرد که 4 پاتوتایپ مورد بررسی از عوامل مهم ابتلا به اسهال در کودکان می¬باشند و بایستی برای شناسایی آن¬ها از روش-های نوینی بهره گرفت.

 هلیکوباکتر پیلوری مهم ترین عامل التهاب معده و سوء هاضمه در انسان است که گسترش جهانی دارد، با توجه به اهمیت این باکتری و شیوع متفاوت آن در مناطق مختلف کشور، هدف از این پژوهش، تعیین شیوع عفونت هلیکوباکتر پیلوری در اهواز می باشد.این پژوهش یک بررسی مقطعی- توصیفی است که برروی 100 بیمار گوارشی مراجعه کننده به بیمارستان امام خمینی اهواز در سال 1393 انجام گرفت. در ابتدا از تست های اوره آز سریع(RUT )و واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR ) برای شناسایی هلیکوباکتر پیلوری استفاده شد. سپس از نرم افزار SPSS و آزمون های آماری مربع کای و آنالیز واریانس برای یافتن ارتباط بین عفونت هلیکوباکتر پیلوری و خصوصیات بیماران استفاده گردید.
از مجموع بیماران مورد بررسی ، 68% به عفونت هلیکوباکتر پیلوری مبتلا بودند. نتایج نشان داد که بین سطح سوادو علامت بالینی برگشت اسیدو عفونت با باکتری ارتباط معنی داری وجود دارد، اما بین سن، جنسیت و عفونت با هلیکوباکتر پیلوری، ارتباط معنی داری مشاهده نشد. دراین مطالعه به دلیل وقوع نتایج مثبت کاذب در روش اوره آز سریع و با توجه به شواهد و مطالعات قبلی ، روشPCR به دلیل بالاتر بودن حساسیت و ویژگی نسبت به اوره آز سر به به عنوان استاندارد طلایی انتخاب گردید. با توجه به شیوع بالای عفونت هلیکوباکتر پیلوری و عوارض ناشی از آن در افراد آلوده، ضرورت پایش مداوم، آموزش بهداشت و کنترل دقیق عفونت مجدد در جمعیت مورد بررسی وجود دارد.

 

 اشریشیا کلی انتروهموراژیک و سالمونلا انتریکا، عوامل میکروبی هستند که قادرند از طریق مواد غذایی به انسان منتقل شده و موجب بروز بیماریهای خطرناکی همچون کولیت هموراژیک و سندرم اورمی همولتیک (توسط EHEC)؛ تیفوئید و پاراتیفوئید (توسط سالمونلا انتریکا) در انسان شوند. در این پژوهش تعداد 256 نمونه سبزیجات تازه شامل کاهو، کلم و سبزی خوردن طی مدت 8 ماه از 4 مرکز عمده فروش سبزی در شهرستان اهواز تهیه گردید. پس از غنی سازی اولیه، از محیط های کشت CT-SMAC و XLD به منظور جداسازی باکتری های مورد نظر استفاده شد، سپس باکتری های رشد یافته به محیط های کشت افتراقی انتقال داده شده و با تستهای اختصاصی بیوشیمیایی به عنوان اشریشیا کلی و سالمونلا تائید شدند و در مرحله بعد توسط آنتی سرم های E.coli O157:H7 و سالمونلا بررسی گردیدند. تست حساسیت ضد میکروبی به روش دیسک گذاری برای سویه های سالمونلا انجام شد. در نهایت با روش مولتی پلکس PCR حضور ژن های stx1 , stx2 ,eaeA ,hlyA در سویه هایE.coli O157 ارزیابی گردید. از مجموع نمونه های مورد بررسی، در12 نمونه (6/4%) باکتری سالمونلا انتریکا و در 8 نمونه (1/3%) باکتری E.coli O157 شناسایی شده و از میان آنها تنها 2 جدایه بعنوان E.coli O157:H7 تشخیص داده شدند. پس از انجام مواتی پلکس PCR مشخص گردید که 4 جدایه حاوی ژن stx1، 2 جدایه حاوی ژن stx2، 1 جدایه حاوی ژن های stx1 و eaeA،1 جدایه حاوی ژن های stx1، eaeA و hlyA و 1 جدایه حاوی ژن های stx1 و hlyA بود. هیچ یک از جدایه ها حاوی هر چهار ژن نبودند. از میان سوش های سالمونلا انتریکا بدست آمده نیز در 7 جدایه (3/58%) مقاومت به حداقل یک آنتی بیوتیک، و در 3 جدایه (25%) مقاومت همزمان به دو آنتی بیوتیک مشاهده شد. پس از سروتایپینگ جدایه های سالمونلا انتریکا، سه گروه سرمی شامل 6 جدایه در گروه سرمی D، 4 جدایه در گروه سرمی C، 2 جدایه در گروه سرمی B تشخیص داده شدند، هیچ یک از جدایه ها متعلق به گروه سرمی A نبودند. مشاهده باکتری های مورد نظر در سبزیجات، برای سلامت عمومی مشکل آفرین بوده و می تواند بروز طغیان بیماری های منتقله از غذا را به همراه داشته باشد. بنابراین اهمیت سالم سازی سبزیجات قبل از مصرف بیش از پیش روشن می گردد.

گاستروانتریت یکی از بیماری¬های رایج قرن حاضر است. عوامل مختلف شامل باکتری، ویروس و انگل به عنوان عوامل اصلی در بروز این بیماری نقش دارند. در این مطالعه عامل ویروسی از نوع روتاویروس مورد بررسی قرارگرفته است. روتاویروس، گاستروانتریت حاد را در کودکان زیر 5 سال به خصوص در کودکان زیر 2سال ایجاد می¬کند. شدت عوارض ناشی از بیماری را با تشخیص سریع بیماری و اقدامات درمانی مناسب کاهش داد و همچنین با ساخت واکسن مناسب جهت ایمن¬سازی کودکان علیه این ویروس امکانپذیر است. هدف ازاین تحقیق بررسی شیوع عفونت گوارشی روتاویروس در کودکان زیر5 سال مبتلا به اسهال و استفراغ می¬باشد. برای تشخیص از تکنیک¬های الایزا، لاتکس آگلوتیناسیون و RT-PCR برای شناسایی بیماران مبتلا به عفونت روتاویروسی استفاده شد. 200 نمونه مدفوعی از بهمن ماه 1392 تا شهریور 1393 تهیه شد. هر سه روش برای 100 نمونه اول تست شد و مقایسه عملکرد هر سه تست از نظر دقت در تشخیص، حساسیت و اختصاصیت بررسی شد. در بررسی میزان شیوع روتاویروس در 200 نمونه، 82 نمونه توسط تست لاتکس مثبت بدست آمد. از این تعداد 42 نمونه با شیوع 21درصد از نظر RT-PCR مثبت تشخیص داده شد. اسفند ماه بیشترین شیوع 95/30 درصد و شهریور کمترین میزان یعنی شیوع 38/2 درصد بدست آمد. در بررسی حاضر رابطه معنی¬داری بین فصل بروز بیماری، علائم بالینی اسهال، استفراغ و تب در سطح 05/0 بدست آمد. در مقایسه سه روش آزمایشگاهی،در 100 نمونه اول مورد آزمایش، الایزا از نظر سرعت تشخیص، حساسیت بالاو اختصاصیت خوب به ترتیب عبارت بودند از حساسیت 96 درصد، اختصاصیت 85درصد.

پروبیوتیک¬ها، میکروارگانیسم¬¬¬های زنده و مشخصی هستند که در صورت مصرف، با مقادیر کافی در انسان یا حیوان با اثر بر روی فلور میکروبی بدن باعث اعمال اثرات مفیدی بر سلامتی میزبان می¬شوند. ازجمله اثرات مفید محصولات پروبیوتیک بر سلامتی میزبان، جلوگیری از رشد و فعالیت باکتری¬های پاتوژن، کاهش کلسترول و چربی خون، بهبود هضم لاکتوز وکاهش عدم تحمل لاکتوز، جلوگیری وکاهش بیماری¬های روده وسرطان، تقویت سیستم ایمنی و دفاعی بدن می باشد. اکثر پروبیوتیک¬¬¬¬¬ها متعلق به گروه بزرگی از باکتری¬های اصلی فلور میکروبی روده انسان بوده و در آن¬جا زندگی همسفرگی بی¬ضرری دارند. عمده¬ترین باکتری¬های پروبیوتیک متعلق به جنس Lactobacillusو Bifidobacteriumهستند. هدف از مطالعه حاضر جداسازی باکتری¬های پروبیوتیک از منابع مختلف و طبیعی و اثر آن¬ها بر کاهش کلسترول خون موش¬های آزمایشگاهی می¬باشد. بر این اساس در این پژوهش از منابع مختلف (لبنیات محلی مختلف (ماست، شیر، پنیر)، ماست پروبیوتیک، هویج، کلم، ترخینه و مدفوع ) نمونه گیری شد پس از غنی سازی، رقت سازی وکشت روی محیط اختصاصی، خالص سازی نهایی(به دو صورت: جداسازی تحت شرایط هوازی و شرایط بی هوازی ) صورت گرفت شناسایی اولیه با انواع تست¬های بیوشیمیایی صورت گرفت. جدایه های منتخب با تعیین سکانس ژن 16s rRNA تعیین هویت شدند. در مجموع 34 جدایه جداسازی شد، که به طور تصادفی از هر منبع 1جدایه انتخاب شد و نهایتاً10جدایه منتخب به ترتیب شامل: 2جدایه Lactobacillus plantarum(ازهویچ وکلم)، 2جدایه Bacillus subtilis(ازپنیر ومدفوع)، 1جدایهWeissella paramesenteroides (از ماست)، 1جدایه )Enterococcus faeciumاز ترخینه)، 2جدایه Lactobacillus gasseri (از مدفوع تحت شرایط بی هوازی)، 1جدایه Lactobacillus fermentum(ازمدفوع تحت شرایط بی هوازی) و1 جدایه Lactobacillus brevis (از مدفوع تحت شرایط بی¬هوازی) بودند. پس از تهیه 40 سر موش در 5 گروه 8تایی، پس از مصرف 2 هفته¬ای غذای چرب (کلسترول¬دار) توسط 3 گروه از موش¬ها، (جهت افزایش چربی خون)، در ادامه با مصرف2 هفته¬ای 10 جدایه منتخب در موش¬های تحت آزمایش روند کاهش کلسترول وLDL به صورت معنی¬دار مشاهده شد، روند کاهش تری گلیسرید نیز مشاهده شد ولی به صورت معنادارمشاهده نشد ، هم چنین افزایش HDLبه صورت معنادار مشاهده شد. با توجه به نتایج این پژوهش باکتری¬های جنس Lactobacillus در مقایسه با سایر جنس¬های جداسازی شده، بیشترین اثر کاهش کلسترول و چربی¬های مضر را نشان دادند

 تولید، توزیع و استفاده گسترده از متیل ترشیاری بوتیل اتر (MTBE)، منجر به آلودگی وسیع در آب¬های زیرزمینی، منابع آب آشامیدنی و خاک¬ها گردیده است. MTBE در محیط پایدار است و از طرفی به عنوان یک عامل احتمالی سرطان حتی در غلظت-های بسیار اندک شناسایی شده است، بنابراین پاک¬سازی این ترکیبات از محیط حائز اهمیت است. در طی سال¬های اخیر، اصلاح زیستی به علت هزینه اندک و ویژگی¬های سازگاری با محیط زیست، در جهت حذف این آلاینده مطرح است. هدف از این مطالعه جداسازی، غربال¬گری و انتخاب باکتری¬های تجزیه کننده MTBE از پساب واحد MTBE پتروشیمی بندر امام خمینی و خاک-های آلوده به آن و بهینه سازی شرایط تجزیه این ماده توسط باکتری¬های جدا شده در جهت حذف این آلاینده از محیط زیست بوده است. در این تحقیق، تکنیک غنی¬سازی، جهت جداسازی تجزیه¬گرهای MTBE مورد استفاده قرار گرفت. 28 سویه باکتریایی متفاوت از طریق غنی سازی کشت¬ها، طی 5 مرحله انتقال انتخابی پشت سر هم جداسازی گردید. بعد از مرحله غنی¬سازی، جهت غربال¬گری این 28 جدایه، جدایه¬های برتر با رشد در غلظت¬های بالاتر ترکیب هدف در محیط BSM مایع و حاوی آگار انتخاب شدند. میزان تجزیه زیستی ترکیب هدف به وسیله کروماتوگرافی گازی تعیین شد. بعد از 21 روز گرماگذاری در محیط BSM با غلظت 200 میلی¬گرم در لیتر از ترکیب MTBE، جدایه¬های خاک شامل PMS، PMA،PMC ، PSSA و PM54 به ترتیب 23/99 %، 85/98 %، 29/91 %، 499/86 % و 505/53 % تجزیه MTBE را نشان دادند و نتایج آنالیز GC برای جدایه¬های پساب، PWC، PWA، PWB، E8 و A12 به ترتیب 155/97، 02/92، 305/91، 545/89 و 525/88 بوده است.
نتایج آنالیز GC نشان داد کارایی کنسرسیوم متشکل از 3 سویه PMS، PMA و PWC نسبت به جدایه¬های منفرد در تجزیه MTBE بیشتر است. بر اساس آزمون¬های بیوشیمیایی و آنالیز توالی ژن SrRNA16، جدایه¬PMA، Pseudomonas pudia KT2440 نامگذاری شد. جدایه PMS، Klebsiella variicola At-22 و جدایه¬های PWA و PSSA به Pseudomonas aeruginosa PAO1، جدایه PWC به Enterobacter oryzendophyticus و جدایه PMC به Azotobacter vinelandii بیشترین شباهت را نشان دادند. در نهایت به منظور افزایش توانایی تجزیه کنندگی توسط ایزوله¬ها فاکتورهای محیطی از جمله دما و pH مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که دمای بهینه در محدوده 30-25 درجه سانتی¬گراد و 7pH می¬باشد.

میکروارگانیسم¬های مقاوم به چند دارو نقش مهمی را در ایجاد بسیاری از مشکلات بالینی در سطح جهانی ایفا می¬کنند، بنابراین توسعه¬ی داروهای جدیدی که بر علیه پاتوژن¬های مقاوم به آنتی¬بیوتیک¬های رایج موثر باشند، یک نیاز ضروری به شمار می¬آید. در حدود 23000 متابولیت ثانویه بیواکتیو توسط میکروارگانیسم¬ها تولید و گزارش شده است که از این تعداد، بیش از 10000 مورد آن¬ها توسط اکتینومیست¬ها تولید شده است. به عبارتی این آمار معرف 45 درصد متابولیت¬های ثانویه کشف شده است. در میان این ترکیبات تولید شده توسط اکتینومیست¬ها، 7600 مورد توسط جنس استرپتومایسس تولید شده است. به دلیل کاهش میزان ترکیبات بیواکتیو جدیدی که از استرپتومایسس¬های خاک به دست می¬آیند، جداسازی جنس استرپتومایسس از زیستگاه¬های دریایی به منظور دستیابی به سویه¬های جدیدی که به طور بالقوه توانایی تولید طیف گسترده¬ای از متابولیت¬های ثانویه مانند آنتی¬بیوتیک¬ها را دارند، ارزشمند و بااهمیت می-باشند. هدف از این مطالعه، جداسازی و شناسایی استرپتومایسس¬های دریایی از خلیج فارس به منظور دستیابی به ترکیبات آنتی¬بیوتیکی جدید علیه باکتری¬های بیماری¬زا بود. به همین منظور نمونه¬های آب و رسوب از برخی نواحی شمال غربی خلیج فارس جمع¬آوری شدند. تعداد 35 سویه جدا و از لحاظ تولید آنتی¬بیوتیک علیه طیف وسیعی از باکتری¬های بیماری¬زا شامل سویه¬های استاندارد و کلینیکی مورد ارزیابی قرار گرفتند. اثر مهاری این سویه¬ها بر 6 باکتری گرم مثبت و 6 باکتری گرم منفی به روش کشت دولایه سنجیده شد. به طور کلی 17 مورد از آن¬ها توانایی تولید ترکیب ضدباکتریایی داشتند. از بین آن¬ها سه جدایه MW-4، MW-5 و BW-5 که تواناترین سویه¬های تولیدکننده آنتی¬بیوتیک بودند برای بررسی¬های بعدی انتخاب شدند. هر سه جدایه علیه هر دو گروه باکتری¬های گرم مثبت و گرم منفی تاثیرگذار بودند. قطر هاله عدم رشد عصاره¬ی اتیل¬استاتی آن¬ها در غلظت mg/ml 50، بین 28-10 میلی¬متر بود. در نهایت، شناسایی سویه¬های برتر تولیدکننده با استفاده از روش¬های مورفولوژیکی، فیزیولوژیکی، شیمیوتاکسونومی و بیوشیمیایی انجام شد. نتایج نشان داد که هر سه سویه متعلق به جنس استرپتومایسس بودند. هم¬چنین شناسایی گونه¬ی ایزوله¬ MW-4 بر اساس تعیین توالی 16S rRNA تعیین شد و تحت عنوان Streptomyces enissocaesilis شناسایی گردید. مطالعه¬ی حاضر نشان داد که استرپتومایسس¬های دریایی متعلق به خلیج فارس می¬توانند منبع مناسبی برای آنتی¬بیوتیک¬های جدید باشند و در درمان بیماری¬های ناشی از باکتری¬های مقاوم به چند دارو امیدبخش باشند.

چکیده:
مخازن نفتی منابع زیرزمینی از آلکان¬های با زنجیره کوتاه و بلند (C1-C30)، خطی، زنجیره¬ای و شاخه¬دار هستند. گاز طبیعی در اثر فشار مخزن به صورت عمودی به سمت بالای سطح زمین نفوذ می¬کند و بخشی از آن توسط میکروارگانیسم¬های اکسیدکننده هیدروکربن مصرف می¬شوند. این میکروارگانیسم¬ها می¬توانند از آلکان¬های کوتاه زنجیره (C1-C4)، به عنوان منبع کربن و انرژی استفاده کنند. از آن¬جایی که اکتشاف ژئومیکربی هیدروکربن¬ها یک روش اکتشافی بر اساس نفوذ هیدروکربن¬های سبک از جمله گاز متان از منابع نفت و گاز به سمت سطح زمین و استفاده از آن¬ها توسط باکتری¬های مصرف کننده متان می¬باشد می¬توان از این باکتری¬ها به عنوان اندیکاتورهای میکربی به منظور اکتشاف نفت و گاز استفاده کرد. هدف از تحقیق حاضر، جداسازی و شناسایی باکتری¬های مصرف¬کننده متان به عنوان تنها منبع کربن و انرژِی بود. برای این منظور نمونه¬هایی از مناطق نفتی، مشکوک به نفت و غیر نفتی جمع¬آوری شد. سوسپانسیون باکتریایی تهیه و به محیط اختصاصی NMS براث تلقیح شد سپس ارلن¬ها در سامانه جارهای حاوی اتمسفر 50 درصد هوا و 50 درصد متان (با خلوص 99/99 درصد)، قرار گرفتند. مخلوط گازی هر دو روز تجدید می¬شد. سپس نمونه¬های کشت مایع روی پلیت¬های NMS آگار توزیع شد. پلیت¬ها به مدت دو هفته در جارهای با ترکیب گازی ذکر شده قرار گرفتند. کلنی¬های تک به پلیت¬های NMS آگار تازه منتقل و به مدت چند هفته گرماگذاری می¬شد. منحنی رشد جدایه¬ها در مقادیر مختلف دما و pH رسم شد. این جدایه¬ها با استفاده از تست¬های بیوشیمیایی و تعیین سکانس ژن 16S rRNA تعیین هویت شدند. در نتیجه این تحقیق، سه جدایه متعلق به Sphingomonas sanguinis، Sphingomonas parapaucimobilis و Achromobacter xylosoxidans. از مناطق نفتی و مشکوک به وجود نفت جداشدند. شرایط بهینه برای رشد توسط هر سه جدایه عبارت بودند از: دمای 30 درجه سانتی¬گراد و 4/7 pH . براساس نتایج بدست آمده می¬توان بیان کرد که باکتری¬های جداسازی شده توانایی مصرف متان را دارند و می¬توان از آن¬ها به عنوان اندیکاتورهای میکربی در اکتشاف نفت استفاده کرد.